Thomas Krämer studierte in Detmold Schulmusik, Komposition, Dirigieren, Musiktheorie, Klavier und Gehörbildung. Er ist seit 1985 Professor für Musiktheorie an der Hochschule für Musik Saar.
Krämer war von 1996 bis 2004 auch deren Rektor und hält Vorlesungen an der Universität des Saarlandes. Neben diesen Funktionen pflegt Krämer eine intensive Tätigkeit als Dirigent und als Komponist, wobei er für sein tonsetzerisches Schaffen mehrfach mit Preisen bedacht wurde. Krämers Fachbücher zu Grundfragen der Musiktheorie sind weit verbreitet. So ist insbesondere seine 1991 erschienene Harmonielehre im Selbststudium in Deutschland zum Standard geworden.
2018 erhielt er die Ehrendoktorwürde der Hochschule für Musik Saar. Laut der Überschrift der Pressemeldung seiner Hochschule, die diesen Ehrentitel zum ersten Mal vergab, erfolgte dies aufgrund seiner hervorragenden Verdienste im Bereich der musiktheoretischen Publikationen .
