Chef de l'école naturaliste, il voulut appliquer la rigueur scientifique à la description des faits humains et sociaux. Accordant une importance capitale aux déterminations héréditaires des passions humaines, il entreprit un grand cycle romanesque reposant sur son expérience vécue et sur une minutieuse enquête préalable, les Rougon-Macquart, histoire naturelle et sociale d'une famille sous le second Empire (1871 - 1893). Attiré par les théories socialistes, puis évoluant vers une vision messianique de l'avenir humain (les Quatre Évangiles, 1899 - 1903), il prit parti en faveur de Dreyfus (J'accuse, 1898). Il a laissé aussi des ouvrages de critique d'art (Édouard Manet, 1867) et de critique littéraire (le Roman expérimental, 1880).