1995 wurde Hubert Kupper Mitarbeiter der Abteilung Musikinformatik an der Johannes Gutenberg-Universität Mainz. Als früherer IBM Mitarbeiter war er einer der ersten Wissenschaftler, die gemäß eines Rahmenvertrages zwischen dem Land Rheinland-Pfalz und IBM von der Industrie zur Lehre und Forschung in den universitären Bereich wechselten.
Kupper hat Mathematik studiert und sich bereits 1963 mit der Darstellung und Verarbeitung musikalischer Objekte durch Computer befasst. 1970 hat er während seiner Tätigkeit bei der IBM mit einem Thema aus dem Bereich Computer-Mathematik-Musik promoviert. Er kann somit zu den Pionieren der Musikinformatik in Deutschland gerechnet werden.
An der Universität in Mainz bot er Lehrveranstaltungen in Systematischer Musikwissenschaft, Musikinformatik und Musikpsychologie an. 1997 wurde er zum Honorarprofessor ernannt.
Nach seiner Pensionierung arbeitete er weiter an der Untersuchung musikwissenschaftlicher Fragestellungen.